(一)药物治疗
1.随访观察
适用于病变轻微、无症状或症状轻微者，定期进行妇科检查，并配合B超检查，以了解病情的变化。注意观察盆腔有无肿块生长及其生长速度，可3～6个月检查一次。对有症状者可给予阿司匹林或吲哚美辛(消炎痛)等药物进行对症治疗;不孕者可促使受孕，分娩后体征及症状可望好转;绝经后子宫内膜异位病灶停止发展，并逐渐消失。
2.激素治疗
由于子宫内膜异位症的发病与卵巢分泌的激素有关，因此主要采用能降低体内雌激素水平的激素类药物，以达到闭经及促使异位内膜萎缩的目的，使子宫内膜异位症得以治疗。
(二)手术治疗
手术治疗分为三类：保守性手术(保留生育功能的手术)、半保守性手术(保留卵巢功能的手术)、根治性手术。
(1)保守性手术(保留生育功能的手术) 子宫内膜异位症好发于生育年龄的妇女，对要求生育的年轻患者，在男方生育功能正常的情况下，尤其患者经过药物治疗无效者，可选用保守性手术，在情况允许的情况下，尽量保留卵巢(或部分卵巢)、输卵管及子宫，尽量切除肉眼可见的盆腔病灶，分离粘连，恢复盆腔器官的正常解剖，同时手术时处理好盆腔创面，防止术后粘连，以达到保存生育功能和促进受孕的目的。
(2)半保守性手术(保留卵巢功能的手术)对于年龄在45岁以下、无生育要求，或者尽管病人年龄较轻，但由于临床症状严重、病变广泛，无法保留生殖功能，或药物治疗效果不佳者，可行半保守性手术，切除子宫和尽可能切除盆腔内膜异位病灶，保留部分、一侧或双侧正常的卵巢组织，保存病人的卵巢内分泌功能。
(3)根治性外科手术 患者年龄45岁以上，或者尽管病人年龄较轻，不需保留生殖功能者，由于病变广泛，临床症状严重，经药物治疗无效，或者手术中无法切除异位病灶以防复发及手术后复发的病人，可行全宫及双侧卵巢切除术及盆腔子宫内膜异位病灶切除术，以达根治的目的。双侧卵巢切除后，由于失去卵巢内分泌功能的支持，盆腔残留的病灶可逐渐萎缩而达治愈。
(三)药物与手术的配合
1.手术前药物治疗
对于病变严重者，由于病灶可侵入盆腔腹膜、肠管、膀胱、输尿管、子宫直肠陷凹、直肠阴道隔等部位，且与周围组织广泛粘连，手术时难度较大，同时也很难切除病灶，易造成术中大量出血及损伤周围脏器。为了解决上述术中问题，主张手术前应用激素治疗。如果手术前应用孕激素治疗，可使病灶软化，易于分离粘连，可以缩小病灶及用药后脱膜反应可显露小的病灶，增加了手术的活动度，有利于粘连的分解及病灶的切除，减少术中出血，降低手术的难度。可选择手术前用药3～6个月。
2.手术后的药物治疗
保守性手术及半保守性手术后，为了防止手术后的复发，手术后给予3～6个月药物治疗，可使肉眼看不到或者深部无法切除的病灶得以治疗。对于手术后还需生育的患者，也有学者持相反意见，认为手术是治疗子宫内膜异位症最佳的临床手段，术后短期内粘连尚未形成，是受孕的最佳时期，因用激素治疗后恢复排卵至少需要半年时间，从而失去了受孕最佳时期，而不主张术后用药。
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